El Consejo Científico se compone de 11 miembros, todos investigadores de rango superior elegidos para dicha posición por el colectivo de investigadores del Instituto. Ocho de sus integrantes son investigadores del centro y otros tres son profesionales relevantes, seleccionados entre las instituciones con las cuales existen vínculos de colaboración. La presidencia del Consejo puede ser desempeñada por el presidente del Instituto o el investigador en quien este delegue tal función, lo cual ha sido la practica más usual.
Mediante comisiones especializadas, consultas a especialistas externos, entrevistas con los autores de los Proyectos de Investigación y otros procedimientos el Consejo Científico formula criterios evaluativos sobre cada uno de los proyectos presentados.
Estos criterios, adecuadamente fundamentados, son presentados en forma de dictámenes a una reunión plenaria de ese órgano, determinando la aprobación o no del mencionado Proyecto de Investigación, el cual constituye la base del Plan de Investigaciones del Instituto de Historia de Cuba.
Esta dentro de las atribuciones del Consejo Científico el formular recomendaciones que contribuyan a mejorar o facilitar la ejecución de los Proyectos de Investigación aprobados.
El Consejo Científico precisa la naturaleza de los requerimientos y las formas más apropiadas de darles respuesta, a partir de la consideración de las necesidades derivadas del desarrollo sistemático de la Historia de Cuba. Ello da lugar a la definición de lineamientos que indican las prioridades institucionales.
El Consejo Científico evalúa los resultados finales de los proyectos de investigación y formula la recomendación para que se extiendan a estos los reconocimientos que ameriten.
Entre las funciones asesoras del Consejo estan las de evaluar los programas de postgrado y otros cursos de superación profesional, así como elaborar recomendaciones al respecto. El Consejo extiende su aval para la solicitud de aspirantura a doctorados en Ciencias Históricas.
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Asesor Científico.